染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的---探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 dna 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3h、35s、32p），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，fish）技术。
在酵母双杂交系统中，bd与x蛋白融合，ad与y蛋白融合，如果x、y之间形成蛋白-蛋白复合物，ad与bd会在空间上充分接近，原位杂交技术服务，重新构成结构域，启动报告基因的转录。拥有bd质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长，拥有ad质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长，通过接合（mating）或共转化使酵母同时拥有ad与bd质粒。如果bd上的目的蛋白与ad上的诱饵蛋白存在相互作用，这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长，并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。
pcr技术是一种在生物体细胞外通过酶促合成特异dna或dn---段的方法。其原理是设计特异引物，在taqdna聚合酶催化作用下，经过高温变性、低温退火和适温延伸3个步骤反复循环，对某一特定模板的特定区域进行扩增，反应结束后应用凝胶电泳或测序等方法分析产物。因此，该技术可以直接检测---组织、细胞中是否存在某种---dna，同时pcr技术还是基因突变检测的前期---技术。
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