样品室处在聚光镜之下，内有载放样品的样品台。样品台必须能做水平面上x、y方向的移动，以选择、移动观察视野，生物扫描电镜技术服务，相对应地配备了2个---杆或者旋转手轮，这是一个精密的调节机构，每一个---杆旋转10圈时，样品台才能沿着某个方向移动3mm左右。现代电镜可配有由计算机控制的马达驱动的样品台，力求样品在移动时，固定时稳定；并能由计算机对样品做出标签式定位标记，以便使用者在需要做回顾性对照时依靠计算---查找，这是在手动选区操作中很难实现的。
分辨率是扫描电镜基本的性能判断指标，首先我们要弄清扫描电镜分辨率的一些细节问题。
通常有关分辨率的问题，都会遵循瑞利判据。即一个光点按照衍射理论会是一个衍射斑，两个光点逐步靠近时，对应的衍射斑也从分离趋于重合。当两个衍射斑的半高宽重叠，则认为不可区分了。此时两个衍射斑之间的距离即为分辨率，。
但一般单帧图像的仪器才完全符合此规律，比如tem、光学显微镜等。扫描电镜的分辨率以瑞利判据为基础，但也却略有不同。扫描电镜是属于电子束移动型的，并不完全适用半高宽重合的概念。
扫描电镜的分辨率分为理论分辨率、验收分辨率，和一般测试过程中能达到的分辨率。
大型透射电镜大型透射电镜（conventional tem）一般采用80-300kv电子束加速电压，不同型号对应不同的电子束加速电压，其分辨率与电子束加速电压相关，可达0.2-0.1nm，机型可实现原子级分辨。低压透射电镜低压小型透射电镜（low-voltage electron microscope，lvem）采用的电子束加速电压（5kv）远低于大型透射电镜。较低的加速电压会增强电子束与样品的作用强度，从而使图像衬度、对比度提升，尤其适合高分子、生物等样品；同时，低压透射电镜对样品的损坏较小。 分辨率较大型电镜低，1-2nm。由于采用低电压，可以在一台设备上整合透射电镜、扫描电镜与扫描透射电镜
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