杂交结束后，去除杂交液，立即于室温把滤膜放入大体积（300-500ml）的2×ssc和0.1% sds溶液中，轻轻振摇5分钟，并将滤膜至少翻转一次。重复洗 一次，同时应避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×ssc和0.1% sds溶液洗膜两次，植物茎原位杂交技术服务，每次1-1.5小时。此时已可进行自显影。如背景---或实验要求严格的洗膜条件，可用300-500ml 0.2×ssc和0.1% sds的溶液于68℃将滤膜浸泡60分钟。
把滤膜放在纸巾上于室温晾干后，把滤膜（编号面朝上）放在一张保鲜膜上，并在保鲜膜上作几个不对称的标记，以使滤膜与性自显影片位置对应。
用第二张保鲜膜盖住滤膜。加x片并加上增感屏于-70℃---12-16小时。
底片显---，在底片上贴一张透明硬纸片。在纸上标记阳性杂交信号的位置，同时在不对称分布点的位置上作出标记。可从底片上取下透明纸，通过对比纸上的点与琼脂上的点来鉴定阳性菌落。
染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的---探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 dna 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3h、35s、32p），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，fish）技术。
菌落的裂解及dna结合于纤维素滤膜
（1） 在一张保鲜膜上制作一个装有0.5mol/l naoh的小洼（0.75ml），使菌落面朝上，将滤膜放到小洼上，展平保鲜膜，使滤膜均匀湿润，让滤膜留于原处2-3分钟。
（2） 用干纸巾从滤膜的下方吸干滤膜，用一张新的保鲜膜和新配制的0.5mol/l naoh重复步骤（1）。
（3） 吸干滤膜，将滤膜转移到新的带有1mol/l tris·cl(ph7.4）的保鲜膜洼上。5分钟后吸干滤膜，再重复一次该步骤。
（4） 吸干滤膜，把它转移到有1.5mol/l nacl、0.5mol/l tris·cl (ph7.4）的保鲜膜小洼上5分钟后吸干滤膜，转移到一张干的滤纸上，置于室温20-30分钟，使滤膜干燥。
（5） 将滤膜夹在两张干的滤纸之间，在真空烤箱中于80℃干烤2小时，固定dna。
（6） 将固定在膜上的dna与32 p标记的rna进行杂交。
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