杂交结束后，去除杂交液，立即于室温把滤膜放入大体积（300-500ml）的2×ssc和0.1% sds溶液中，轻轻振摇5分钟，并将滤膜至少翻转一次。重复洗 一次，同时应避免膜干涸。
68℃用300-500ml 1×ssc和0.1% sds溶液洗膜两次，每次1-1.5小时。此时已可进行自显影。如背景---或实验要求严格的洗膜条件，植物组织原位杂交技术服务，可用300-500ml 0.2×ssc和0.1% sds的溶液于68℃将滤膜浸泡60分钟。
把滤膜放在纸巾上于室温晾干后，把滤膜（编号面朝上）放在一张保鲜膜上，并在保鲜膜上作几个不对称的标记，以使滤膜与性自显影片位置对应。
用第二张保鲜膜盖住滤膜。加x片并加上增感屏于-70℃---12-16小时。
底片显---，在底片上贴一张透明硬纸片。在纸上标记阳性杂交信号的位置，同时在不对称分布点的位置上作出标记。可从底片上取下透明纸，通过对比纸上的点与琼脂上的点来鉴定阳性菌落。
原位杂交杂交液注意事项：
（1）杂交液内除含一定浓度的标记探针外，还含有较高浓度的盐类、---胺、---葡聚糖、牛血1清白蛋白及载体dna或rna等。
（2）杂交液中含有较高浓度的na+可使杂交率增加，可以减低探针与组织标本之间的静电结合。---胺可使tm降低，杂交液中含每1%的---胺可分别使rna：rna，rna：dna，dna：dna的杂交温度降低0.35℃，0.5℃和0.65℃。，所以杂交液中加入适量的---胺，可避免因杂交温度过高而引起的组织形态结构的破坏以及标本的脱落。---葡聚糖能与水结合，从而减少杂交液的有效容积，提高探针有效浓度，以达到提高杂交率的目的（尤其对双链---探针）。
在杂交液中加入牛血1清白蛋白及载体dna或rna等，都是为了阻断探针与组织结构成分之间的非特---结合，以减低背景。
菌落的裂解及dna结合于纤维素滤膜
（1） 在一张保鲜膜上制作一个装有0.5mol/l naoh的小洼（0.75ml），使菌落面朝上，将滤膜放到小洼上，展平保鲜膜，使滤膜均匀湿润，让滤膜留于原处2-3分钟。
（2） 用干纸巾从滤膜的下方吸干滤膜，用一张新的保鲜膜和新配制的0.5mol/l naoh重复步骤（1）。
（3） 吸干滤膜，将滤膜转移到新的带有1mol/l tris·cl(ph7.4）的保鲜膜洼上。5分钟后吸干滤膜，再重复一次该步骤。
（4） 吸干滤膜，把它转移到有1.5mol/l nacl、0.5mol/l tris·cl (ph7.4）的保鲜膜小洼上5分钟后吸干滤膜，转移到一张干的滤纸上，置于室温20-30分钟，使滤膜干燥。
（5） 将滤膜夹在两张干的滤纸之间，在真空烤箱中于80℃干烤2小时，固定dna。
（6） 将固定在膜上的dna与32 p标记的rna进行杂交。
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