首先，分子病理诊断为的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见---时，尤其是通过形态学和免yi组化染色仍不能确定的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断---的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该---的预后及转归。应用领域广泛的要数软组织和骨、淋巴造血系统，因为这些系统的相似而不同，单靠镜下表现和已知的已无法满足诊断需求。另外，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的分子分型，通过基因表达谱研究，可将分为管腔a型、b型，her-2阳性型，基底样型。
分子病理检测的意义：
通过分子检测协助病理诊断
某些肿1瘤具有特定的分子病理学改变，对于病理常规染色难于诊断的这些肿1瘤，进行分子病理检测可协助得出准确的病理诊断。例如淋巴1瘤的鉴别诊断往往依赖于形态和免1疫组化的综合判断，但有些时候，这些手段也不能满足诊断的需要，这时我们通过ig或tcr基因重排检测，分子病理技术服务，可协助鉴别淋巴细胞的普通增殖和肿1瘤性增殖。
原位杂交的应用范围：
细胞特---mrna转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；
感1染组织中---dna/rna的检测和定位，如eb---mrna、人类乳1头状瘤1---和巨细胞---dna的检测；
癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；
基因在染色体上的定位；
检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；
分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些肿1瘤的诊断和生物学剂量测定等。
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