在酵母双杂交系统中，bd与x蛋白融合，ad与y蛋白融合，如果x、y之间形成蛋白-蛋白复合物，ad与bd会在空间上充分接近，重新构成结构域，启动报告基因的转录。拥有bd质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长，拥有ad质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长，通过接合（mating）或共转化使酵母同时拥有ad与bd质粒。如果bd上的目的蛋白与ad上的诱饵蛋白存在相互作用，这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长，并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。
将少数菌落转移到纤维素滤膜上
（1） 在含有选择性的琼脂平板上放一张纤维素滤膜。
（2） 用无菌---将各个菌落先转移至滤膜上，再转移至含有选择性但未放滤膜的琼脂主平板上。应按一定的格子进行划线接种（或打点）。每菌落应分别划线于两个平板的相同位置上。后，在滤膜和主平板上同时划一个含有非重组质粒的菌落。
（3） 倒置平板，分子病理技术服务，于37℃培养至划线的---菌落生长到0.5-1.0mm的宽度。
（4） 用已装防水黑色绘图墨水的针头穿透滤膜直至琼脂，在3个以上的不对称位置作标记。在主平板大致相同的位置上也作上标记。
（5） 用parafilm膜封好主平板，倒置贮放于4℃，直至获得杂交反应的结果。
（6） 裂解---，按本段下面所述方法，使释放的dna结合于纤维素滤膜。
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