应用于分子病理诊断的dna测序技术有直接测序法和焦磷酸测序法。直接测序技术主要是sanger等发明的双脱氧链末端终止法。其原理就是根据核苷酸在某一固定的点开始，随机在某一个特定的碱基处终止，产生a、t、c、g4组不同长度的一系列核苷酸，然后在尿素变性的page胶上电泳进行检测，从而获得dna序列。直接测序法是基因突变检测的“金标准”，其优点是结果准确，重复性好，可检测整个测序范围内已知和未知突变点;缺点是步骤多，耗时长，灵敏度低，过程不易控制，分子病理技术服务，在检测已知突变位点方面将逐渐被荧光定量pcｒ法替代。
原理
根据抗原反应和化学显色原理，组织切片或细胞标本中的抗原先和一抗结合，再利用一抗与标记生物素、荧光素等的二抗进行反应，前者再用标记辣根---化物酶（hrp）或碱性磷酸酶（akp）等的抗生物素（如链霉亲和素等）结合，后通过呈色反应或荧光来显示细胞或组织中化学成分，在光学显微镜或荧光显微镜下可清晰看见细胞内发生的抗原反应产物，从而能够在细胞爬片或组织切片上原位确定某些化学成分的分布和含量。
原位末端凋亡检测（tunel）
实验原理： tunel技术可对组织或细胞中凋亡小体或单个凋亡细胞进行染色，能准确反映细胞凋亡典型的生物化学和形态特征。凋亡细胞内内源性---内切酶被而将自身染色体dna切断成缺口或3-oh末端片段这一特点，利用脱氧核苷酸末端转移酶将标有标记物(如，生物素或荧光素)的脱氧核苷酸转移到3-oh末端，再用组化法或荧光检测凋亡细胞。
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