首先，分子病理诊断为的诊断及鉴别诊断提供了依据，当遇到少见疑难或罕见---时，尤其是通过形态学和免yi组化染色仍不能确定的类型，这时候就需要借助分子病理技术，从基因水平来判断---的异常情况，协助病理医生作出相对准确的诊断并判断该---的预后及转归。应用领域广泛的要数软组织和骨、淋巴造血系统，因为这些系统的相似而不同，单靠镜下表现和已知的已无法满足诊断需求。另外，花芽原位杂交检测技术服务，分子病理检测也常常运用在分子分型中，比如大家熟知的分子分型，通过基因表达谱研究，可将分为管腔a型、b型，her-2阳性型，基底样型。
分子病理学是与分子生物学、细胞遗传学等学科相互渗透，在蛋白质和---等生物大分子水平上研究---病因、发病机制、形态变化及功能损害等方面发生和发展规律的新的分支学科，对---的病因、发展、发病机制及形态变化，从传统形态学概念深入至分子或基因水平，分子病理已成为肿1瘤病理研究中重要的内容和手段。细胞特---mrna转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；
分子病理应用的检测样本主要包括石蜡组织、新鲜组织、脱落细胞、全血及其他---等。石蜡切片标本厚度应在4-6μm，切片数量依据组织大小而定。样本对检测结果和分析---，病理---需要对可评估的样本进一步明确病理诊断，并评价标本有无出血、坏死和不利于---的前处理(例如含hcl脱钙液处理)，病变细胞(如细胞)的总量和比例，避免假阴性。进行ngs检测前需通过病理诊断明确其的性质及含量，根据不同类型选择合适的基因panel测序。组织标本中细胞含量建议达到20%以上，低于此标准可富集后检测。未经病理评估的---结果不可单独用于分子病理---诊断目的。
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