染色体原位杂交实验的基本原理是利用特定标记的已知碱基序列的---探针，依据碱基互补配对原理，与中期染色体玻片标本中的同源 dna 序列进行杂交。
标记可以用放1射性同位素（3h、35s、32p），然后进行放1射自显影；也可以用非放1射性的荧光素生物素、地1高辛，再用荧光显微镜进行观察，即荧光原位杂交（fluorescent in situhybridization，fish）技术。
目前，我国已稳定开展的分子病理技术主要有显色原位杂交、荧光原位杂交、pcr、荧光定量pcr、基因芯片和dna测序技术dna原位杂交主要用于基因定位、特异基因(如病原微生物基因)检测等;rna原位杂交则用于基因表达检测。原位杂交技术的优点是操作简单，可直接定位组织，价格低廉，信号稳定，储存方便，可做组织学评价，是目前应用较多的分子病理技术之一。
后固定：胃蛋白酶---后才需要。固定液为1%---/0.1 m pbs（ph7.2-7.6），含有1/1000 depc。室温固定 10分钟。蒸馏水洗涤3次。
原位杂交的预杂交：湿盒的准备——干的杂交盒底部加20%甘油20ml以保持湿度。按每张切片20μι加预杂交液。恒温箱38-42℃2—4小时。吸取多余液体，tunel技术服务，不洗。
杂交——按每张切片20μι杂交液，加在切片上。将原位杂交专1用盖玻片的保护膜揭开后，盖在切片上。恒温箱38-42℃杂交过夜(根据杂交情况可以调节)。
杂交后洗涤：揭掉盖玻片，37℃左右水温的2×ssc洗涤5分钟×2次；37℃0.5×ssc洗涤15分钟×1次; 37℃0.2×ssc洗涤15分钟×1次(如果有非特---染色，重复0.2×ssc洗涤15分钟×1-2次)。
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