扫描电镜虽然是显微镜家族中的后起之秀，但由于其本身具有许多的优点，发展速度是很快的。
1 仪器分辨率较高，通过二次电子像能够观察试样表面6nm左右的细节，采用lab6电子，可以进一步提高到3nm。
2 仪器放大倍数变化范围大，且能连续可调。因此可以根据需要选择大小不同的视场进行观察，同时在高放大倍数下也可获得一般透射电镜较难达到的高亮度的清晰图像。
高分辨率的图像要求样品尽量的薄，电子束的能量尽量的高。因此可以认为电子不会被样品吸收，样品也就无法改变电子波的振幅。由于在这种情况下样品仅仅对波的相位造成影响，这样的样品被称作纯相位物体。纯相位物体对波相位的影响远---过对波振幅的影响，因此需要复杂的分析来得到观察到的图像强度。例如，为了增加图像的对比度，tem需要稍稍离开---位置一点。这是由于如果样品不是一个相位物体，和tem的对比度传输函数卷积以后将会降低图像的对比度。
电子束的扫描是根据放大倍数和采集像素大小而进行了马赛克的像素化，生物扫描电镜技术服务，只要束斑缩小到和单点像素匹配就可以，束斑与束斑之间不会出现太多的重叠而导致分辨率下降。只有束斑与单点像素匹配后，再缩小束斑已经没有意义，不会带来分辨率的提升，相反会引起信息的缺失。由此我们可以得到新的结论，虽然束斑越小理论分辨率越高，但是对于实际拍摄来说，像素和束斑越匹配才是效果越好。
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