he染色是制作切片过程中较为常用的染色方法之一，细胞核被苏染成鲜明的蓝色，基质、钙盐颗粒呈深蓝色，粘液呈灰蓝色。细胞浆被伊红染成深浅不同的粉红色至桃红色，胞浆内嗜酸性颗粒呈反光强的鲜红色。胶原纤维呈淡粉红色，弹力纤维呈亮粉红色，落叶松木质部切片，红血球呈橘红色，蛋白性液体呈粉红色。着况与组织或细胞的种类有关，也随其生活周期及病理变化而改变。例如，细胞在新生时期胞浆对伊红着色较淡或轻度嗜碱，当其衰老时或发生退行性变则呈现嗜伊红浓染。胶原纤维在老化和出现透明变性时，伊红着色由浅变深。
包埋是使浸透蜡的组织块包裹在石蜡中。
6.切片：切片前先将蜡块切面在冻台上冷冻几分钟，将所要切的包埋块固定在标本台上，使包埋块外切面与标本夹截面平行，并让包埋块稍露出一截。将刀台推至外缘后松开刀片夹的螺旋，上好刀片，使切片刀平面与组织切面间呈15°左右的夹角，包埋块上下边与刀口平行。
在微动装置上调节切片要求的厚度（一般为4微米），调节时应注意指针不可在两个刻度之间，否则容易损伤切片机，将刀台移至近标本台处，让刀口与组织切面稍稍接触，这时就可以开始切片了。石蜡包埋呢是现在病理技术中很常规的一种服务项目，而石蜡包埋的实验目的就是掌握石蜡包埋实验技术；理解组织脱水、透明及浸蜡原理；熟悉不同组织的结构特点。
而石蜡包埋实验需要用到的主要试剂有：0.85%生理盐水，75%酒精，85%酒精，95%酒精，溶液，无水---，48℃-60℃的石蜡。
有人注意到石蜡包埋会使用反复用过的石蜡，这是因为石蜡在刚出厂时其密度比较疏松，经过反复多次融化和冷却后的石蜡密度会增加，可以更贴近包埋组织的密度以及硬度，在进行包埋组织时不易造成蜡块的脱裂。所以一般在使用新蜡之前会在熬一下。
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