原位杂交的应用范围：
细胞特---mrna转录的定位，可用于基因图谱，基因表达和基因组进化的研究；
感1染组织中---dna/rna的检测和定位，如eb---mrna、人类乳1头状瘤1---和巨细胞---dna的检测；
癌基因、抑癌基因及各种功能基因在转录水平的表达及其变化的检测；
基因在染色体上的定位；
检测染色体的变化，如染色体数量异常和染色体易位等；
分裂间期细胞遗传学的研究，如遗传病的产前诊断和某些遗传病基因携带者的确定，某些肿1瘤的诊断和生物学剂量测定等。
20世纪80年代的dna原位杂交开启了分子病理检测的大门，随后相继出现了在组织切片上的原位杂交，目的是检测肝1炎和肝1癌组织中的乙1肝1---。之后，越来越多的肿1瘤相关基因被发现，一批用于检测靶向治1疗药1物靶点的分子病理技术迅速问世，如fish检测乳1腺癌her2基因扩增、arms法检测肺1癌1基因突变等。
在酵母双杂交系统中，bd与x蛋白融合，ad与y蛋白融合，如果x、y之间形成蛋白-蛋白复合物，ad与bd会在空间上充分接近，重新构成结构域，rna原位杂交检测技术服务，启动报告基因的转录。拥有bd质粒的酵母可以在某一缺陷培养基上生长，拥有ad质粒的酵母菌可以在另一种缺陷培养基上生长，通过接合（mating）或共转化使酵母同时拥有ad与bd质粒。如果bd上的目的蛋白与ad上的诱饵蛋白存在相互作用，这样的酵母可以在三缺及四缺的培养基上生长，并启动β-半乳糖苷酶基因的转录。
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